องค์การบริหารส่วนตำบลควนหนองหงษ์ยกฐานะจากสภาตำบลเมื่อวันที่ 2 มีนาคม 2539โดยกระทรวงมหาดไทยได้ประกาศจัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบลตามมาตรา 40 และมาตราที่ 95 แห่งพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ. 2537 ครั้งที่ 2 จำนวน 2,143แห่ง โดยมีการเลือกสมาชิกในวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2539
ควนหนองหงษ์ เป็นทั้งชื่อตำบลและชื่อหมู่บ้านสำหรับความเป็นมาแห่งชื่อควนหนองหงษ์นั้น เดิมที่ทำเลจุดที่ตั้งศูนย์กลางของตำบลเป็นที่สูง (ควนตามภาษาท้องถิ่น) และมีหนองน้ำอยู่ 1 แห่ง ไม่ว่าพื้นที่รอบนอกหนองน้ำจะแห้งแล้งสักเพียงใดแต่หนองน้ำแห่งนี้จะมีน้ำอยู่ตลอด ทำให้นกชนิดหนึ่งมาเล่นน้ำเป็นประจำ ชาวบ้านสมัยนั้นเล่ากันว่านกชนิดนั้นคือ หงส์ชาวบ้านเลยตั้งชื่อว่า “ควนหนองหงส์” ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา แต่ต่อได้มีการเขียนจาก“หงส์”เป็น“หงษ์”จนถึงปัจจุบัน